Array.Cloneメソッドを使うことで、配列を複製して同じ内容を持った配列を生成することが出来ます。 Array.Cloneメソッドの戻り値はobjectであるため、必要に応じて複製元と同じ型にキャストして使います。

Array.Cloneメソッドで1次元配列の複製を作成する
using System;

class Sample {
  static void Main()
  {
    int[] arr1 = {0, 1, 2, 3, 4};
    int[] arr2;

    // arr1を複製してarr2に代入
    arr2 = (int[])arr1.Clone();

    // 複製元と複製後の配列の要素を変更
    arr1[2] = 0;
    arr2[2] = 5;

    // それぞれの配列の内容を表示
    foreach (int elem in arr1) {
      Console.Write("{0}, ", elem);
    }
    Console.WriteLine();

    foreach (int elem in arr2) {
      Console.Write("{0}, ", elem);
    }
    Console.WriteLine();
  }
}
実行結果
0, 1, 0, 3, 4, 
0, 1, 5, 3, 4, 

このメソッドでは簡易コピーが行われるため、参照型を要素に持つ配列では参照のみがコピーされます。 そのため、ジャグ配列の複製を行うと、複製元と複製後のジャグ配列内における2段目以降はどちらも同一のインスタンスを参照する事になります。

Cloneメソッドと簡易コピーについてより詳しくはオブジェクトの複製で解説しています。