多次元配列を複製する場合の結果は1次元配列を複製する場合と同様で、長さ・次元数・格納される要素が同一の多次元配列が生成されます。

Array.Cloneメソッドで2次元配列の複製を作成する
using System;

class Sample {
  static void Main()
  {
    int[,] matrix1 = {
      {0, 1, 2, 3},
      {4, 5, 6, 7},
      {8, 9, 10, 11},
    };
    int[,] matrix2;

    // matrix1を複製してmatrix2に代入
    matrix2 = (int[,])matrix1.Clone();

    // 複製元と複製後の配列の要素を変更
    matrix1[0, 0] = 99;
    matrix2[0, 0] = -1;

    // それぞれの配列の内容を表示
    for (int d1 = 0; d1 < matrix1.GetLength(0); d1++) {
      for (int d2 = 0; d2 < matrix1.GetLength(1); d2++) {
        Console.Write("{0}, ", matrix1[d1, d2]);
      }
      Console.WriteLine();
    }
    Console.WriteLine();

    for (int d1 = 0; d1 < matrix2.GetLength(0); d1++) {
      for (int d2 = 0; d2 < matrix2.GetLength(1); d2++) {
        Console.Write("{0}, ", matrix2[d1, d2]);
      }
      Console.WriteLine();
    }
  }
}
実行結果
99, 1, 2, 3, 
4, 5, 6, 7, 
8, 9, 10, 11, 

-1, 1, 2, 3, 
4, 5, 6, 7, 
8, 9, 10, 11,