using System;
using System.IO;
using System.Security.Cryptography;

class Sample {
  static void Main(string[] args)
  {
    // コマンドライン引数に-dもしくは--decodeが指定されている場合はデコードを行う
    var decode = false;

    foreach (var arg in args) {
      if (arg == "-d" || arg  == "--decode")
        decode = true;
    }

    Stream input, output;

    if (decode) {
      // BASE64デコードする場合

      // 標準入力から読み込みを行い、FromBase64TransformによってBASE64デコードを行うCryptoStreamを入力元ストリームとする
      input = new CryptoStream(Console.OpenStandardInput(), new FromBase64Transform(), CryptoStreamMode.Read);

      // 標準出力を出力先ストリームとする
      output = Console.OpenStandardOutput();
    }
    else {
      // BASE64エンコードする場合

      // 標準入力を入力元ストリームとする
      input = Console.OpenStandardInput();

      // ToBase64TransformによってBASE64エンコードを行い、標準出力へ書き込むCryptoStreamを出力先ストリームとする
      output = new CryptoStream(Console.OpenStandardOutput(), new ToBase64Transform(), CryptoStreamMode.Write);
    }

    // 入力元ストリームの内容を出力先ストリームに'コピー'する
    // (コピーを行う際、CryptoStreamによってデコード/エンコード処理が行われる)
    input.CopyTo(output);

    output.Close();
  }
}

>type sample.txt
Hello, world!

>type sample.txt | sample.exe
SGVsbG8sIHdvcmxkIQo=

>type sample.txt | sample.exe | sample.exe -d
Hello, world!