Array.Clearメソッドでジャグ配列をクリアする場合は、ジャグ配列の1段目に格納されている配列がクリアされヌル参照(null/Nothing)の状態になります。　ジャグ配列に格納されている各配列はクリアされません。

Array.Clearメソッドで2段のジャグ配列をゼロクリアする
using System;

class Sample {
  static void Main()
  {
    // ジャグ配列に格納する配列
    int[] arr1 = {0, 1, 2, 3, 4};
    int[] arr2 = {5, 6, 7};

    // 2段のジャグ配列
    int[][] jagged = {
      arr1,
      arr2,
    };

    // ジャグ配列をクリア
    Array.Clear(jagged, 0, jagged.Length);

    Console.WriteLine("jagged[0] == null : {0}", jagged[0] == null);
    Console.WriteLine("jagged[1] == null : {0}", jagged[1] == null);

    foreach (var elem in arr1) {
      Console.Write("{0}, ", elem);
    }
    Console.WriteLine();
  }
}
実行結果
jagged[0] == null : True
jagged[1] == null : True
0, 1, 2, 3, 4,