Array.Clearメソッドでジャグ配列をクリアする場合は、ジャグ配列の1段目に格納されている配列がクリアされヌル参照(null/Nothing)の状態になります。 ジャグ配列に格納されている各配列はクリアされません。

Array.Clearメソッドで2段のジャグ配列をゼロクリアする
Imports System

Class Sample
  Shared Sub Main()
    ' ジャグ配列に格納する配列
    Dim arr1() As Integer = {0, 1, 2, 3, 4}
    Dim arr2() As Integer = {5, 6, 7}

    ' 2段のジャグ配列
    Dim jagged()() As Integer = { _
      arr1, _
      arr2 _
    }

    ' ジャグ配列をクリア
    Array.Clear(jagged, 0, jagged.Length)

    Console.WriteLine("jagged(0) Is Nothing : {0}", jagged(0) Is Nothing)
    Console.WriteLine("jagged(1) Is Nothing : {0}", jagged(1) Is Nothing)

    For Each elem As Integer In arr1
      Console.Write("{0}, ", elem)
    Next
    Console.WriteLine()
  End Sub
End Class