\r, \n, \r\nが混在する文字列の分割はTextReaderを使うことでも行えます。　例として、StringReaderを使った行分割は次のように行うことができます。

StringReaderを使って文字列を行ごとに分割する
Imports System
Imports System.IO

Class Sample
  Shared Sub Main()
    Dim text As String = "1行目" + vbCrLf + "2行目" + vbLf + "3行目" + vbCr + "4行目" + vbLf + vbCr + "6行目"
    Dim r As New StringReader(text)

    Do
      Dim line As String = r.ReadLine()

      If line Is Nothing Then Exit Do

      Console.WriteLine(line)
    Loop
  End Sub
End Class

TextReaderを使った行ごとの読み込みに関してはStreamReaderクラス・StreamWriterクラス §.1行ずつの読み込み (ReadLine)、StringReaderについてはStringReaderクラス/StringWriterクラス §.StringReaderクラスで解説しています。