.NET Framework 4より導入されたStructuralComparisons.StructuralComparerを使うことでもジャグ配列をソートすることが出来ます。　ただし、ソート出来るのはジャグ配列内の各配列の長さが等しい場合(=矩形のジャグ配列)に限られます。

次の例は、StructuralComparisons.StructuralComparerを使って2段のジャグ配列をソートする例です。

StructuralComparisons.StructuralComparerを使って2段の矩形ジャグ配列をソートする
using System;
using System.Collections;

class Sample {
  static void Main()
  {
    var arr = new int[][] {
      new int[] {1, 2, 1},
      new int[] {2, 1, 1},
      new int[] {2, 2, 1},
      new int[] {2, 1, 1},
      new int[] {2, 1, 2},
      new int[] {1, 2, 3},
      new int[] {1, 1, 1},
      new int[] {1, 2, 2},
    };

    // StructuralComparisons.StructuralComparerを指定してジャグ配列をソート
    Array.Sort(arr, StructuralComparisons.StructuralComparer);

    for (var y = 0; y < arr.Length; y++) {
      for (var x = 0; x < arr[y].Length; x++) {
        Console.Write("{0}, ", arr[y][x]);
      }
      Console.WriteLine();
    }
  }
}
実行結果
1, 1, 1, 
1, 2, 1, 
1, 2, 2, 
1, 2, 3, 
2, 1, 1, 
2, 1, 1, 
2, 1, 2, 
2, 2, 1,

StructuralComparisonsについては構造の比較で詳しく解説しています。