TimeSpanでは、二つのTimeSpanの値が同じかどうか、その等価性の比較を行うメソッドとしてEqualsメソッドが用意されています。　また、二つのTimeSpanのどちらが大きいか、その大小関係の比較を行うメソッドとしてCompareメソッド・CompareToメソッドが用意されています。　これらのメソッドはIEquatableインターフェイス・IComparableインターフェイスのメソッドとして提供されます。　これらのメソッド・インターフェイスについての詳細は等価性の定義と比較および大小関係の定義と比較をご覧ください。

これらのメソッドを使う他にも、等価演算子(==)・不等価演算子(!=)・比較演算子(<, >)を使うことでTimeSpan同士の比較をすることも出来ます。

等価演算子・比較演算子を使って2つのTimeSpanの等価・大小関係を比較する
using System;

class Sample {
  static void Main()
  {
    var a = new TimeSpan(3, 1, 30, 00);
    var b = new TimeSpan(-3, 90, 0);

    Console.WriteLine("a = {0}", a);
    Console.WriteLine("b = {0}", b);
    Console.WriteLine("a == b : {0}", a == b);
    Console.WriteLine("a != b : {0}", a != b);
    Console.WriteLine("a < b : {0}", a < b);
    Console.WriteLine("a > b : {0}", a > b);
  }
}
実行結果
a = 3.01:30:00
b = -01:30:00
a == b : False
a != b : True
a < b : False
a > b : True