Copyメソッドでは次元数が異なる配列への複写が出来ないので、そういった場合はfor文・foreach文を使って要素を一つずつコピーする必要があります。

1次元配列から2次元配列へ複写する
Imports System

Class Sample
  Shared Sub Main()
    ' 複写元の1次元配列(長さが12)
    Dim matrix1 As Integer() = { _
      0, 1, 2, 3, _
      4, 5, 6, 7, _
      8, 9, 10, 11 _
    }

    ' 複写先の2次元配列(長さが4×3)を確保
    Dim matrix2(2, 3) As Integer

    ' 配列を複写
    For i As Integer = 0 To matrix1.Length - 1
      Dim d1 As Integer = i \ matrix2.GetLength(1)
      Dim d2 As Integer = i Mod matrix2.GetLength(1)

      matrix2(d1, d2) = matrix1(i)
    Next

    ' 結果を表示
    For d1 As Integer = 0 To matrix2.GetLength(0) - 1
      For d2 As Integer = 0 To matrix2.GetLength(1) - 1
        Console.Write("{0}, ", matrix2(d1, d2))
      Next
      Console.WriteLine()
    Next
  End Sub
End Class
実行結果
0, 1, 2, 3, 
4, 5, 6, 7, 
8, 9, 10, 11,