Clearメソッドを呼び出すことで、Stackの内容を空にすることができます。

Clearメソッドを使ってStackの内容を空にする
Imports System
Imports System.Collections.Generic

Class Sample
  Shared Sub Main()
    Dim s As New Stack(Of String)()

    s.Push("Alice")
    s.Push("Bob")
    s.Push("Charlie")

    Console.WriteLine($"Count = {s.Count}")

    ' Stackの内容をクリア
    s.Clear()

    Console.WriteLine($"Count = {s.Count}")
  End Sub
End Class
実行結果
Count = 3
Count = 0

TrimExcessメソッドを使うことで、Stack内部で確保されているバッファを最小化することができます。